
Le chiffre peut surprendre : près d’un quart des contentieux prud’homaux sur les arrêts maladie tournent autour du décompte des heures supplémentaires. Derrière cette statistique, des situations bien concrètes, parfois tendues, où le bulletin de paie devient le théâtre d’un bras de fer silencieux entre salarié et employeur.
Heures supplémentaires et arrêt maladie : ce que dit la loi aujourd’hui
Le Code du travail ne laisse pas place à l’interprétation : seules les heures réellement effectuées sont reconnues comme du temps de travail effectif. Dès lors, lorsqu’un salarié s’absente en raison d’un arrêt maladie, aucune heure supplémentaire n’est à comptabiliser durant cette période. Cette règle s’applique sans détour : le calcul des heures supplémentaires se fait semaine par semaine, sur la base des 35 heures prévues par la loi.
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Autrement dit, si un salarié est absent pour maladie, les heures non travaillées ne sont pas prises en compte pour franchir le seuil des heures supplémentaires, même si le rythme habituel aurait permis de dépasser ce cap. Le droit du travail reste sur cette ligne ferme : l’absence pour maladie n’ouvre pas droit à des heures majorées, car elle ne correspond pas à une présence effective dans l’entreprise.
Cela dit, certains accords ou conventions collectives peuvent accorder des mesures plus favorables. Par exemple, il arrive qu’une convention prévoie que tout ou partie de l’absence pour maladie soit assimilée à du temps de travail effectif, ce qui peut alors modifier le calcul hebdomadaire des heures supplémentaires. Toutefois, en l’absence d’un tel texte, la règle générale s’applique, et le gestionnaire de paie suit la doctrine à la lettre.
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Le décompte des heures, semaine par semaine, reste donc le cœur du dispositif. La période d’absence pour maladie ne compte pas dans le calcul du seuil de 35 heures, sauf exception prévue par accord collectif. Pour les professionnels de la paie, la distinction n’est pas un détail administratif : elle influe directement sur le montant des bulletins de salaire, les droits à majoration, et peut être source de tensions voire de litiges.
Pour explorer en détail la question des heures supplémentaires lors d’un arrêt maladie, le site Astuces Business consacre un article complet à la question. Le débat n’est pas seulement juridique : il a des répercussions concrètes sur la vie professionnelle et la relation de confiance entre employeur et salarié.
Quels impacts sur le calcul des indemnités et des congés maternité ?
Depuis l’adoption de la loi du 22 avril 2024, la France a fait évoluer les règles du jeu. Les périodes d’arrêt maladie sont dorénavant assimilées à du temps de travail effectif pour calculer les droits à congés payés. Ce changement marque la fin d’une longue insécurité juridique et rapproche la législation française des exigences européennes. Désormais, qu’un arrêt maladie ait une origine professionnelle ou non, il ne bloque plus l’acquisition de congés payés.
Côté indemnités journalières, le calcul s’effectue à partir du salaire brut perçu durant les mois précédant l’arrêt. Les heures supplémentaires réellement réalisées pendant cette période sont intégrées dans la base de calcul. En revanche, le système ne prend pas en compte d’hypothétiques heures majorées durant l’absence, même si le salarié en réalisait régulièrement auparavant. Dans le secteur privé, la Sécurité sociale applique un délai de carence de trois jours, contre un seul dans la fonction publique. Durant ce laps de temps, aucune indemnité n’est versée, sauf si une convention collective prévoit mieux.
La logique est la même pour les congés maternité : l’arrêt est considéré comme du temps assimilé pour acquérir des congés payés. Les gestionnaires de paie doivent donc adapter leurs pratiques et distinguer avec précision les heures vraiment travaillées des périodes assimilées.
Pour plus de clarté, voici les principales conséquences à retenir :
- Les congés payés continuent de s’accumuler pendant un arrêt maladie.
- Les indemnités journalières s’appuient sur les salaires antérieurs, incluant les heures supplémentaires réellement faites.
- Le délai de carence reste fixé à trois jours dans le privé, un jour dans la fonction publique.

Décisions récentes : comment évoluent les droits des salariés face aux nouvelles jurisprudences ?
La Cour de cassation a récemment posé un jalon décisif : le report des congés payés pour cause d’arrêt maladie s’appuie désormais sur une jurisprudence solide, en adéquation avec la directive 2003/88/CE de l’Union européenne. L’arrêt du 10 septembre 2025 vient confirmer cette avancée. Si un salarié ne peut pas prendre ses congés du fait d’une maladie, il en conserve le bénéfice, sous réserve d’en informer clairement son employeur. Cette nouvelle articulation entre législation française et droit européen consacre la priorité donnée au droit au repos effectif.
Mais le débat ne s’arrête pas au report des congés. Les règles de décompte des heures supplémentaires pendant une absence font désormais l’objet d’une attention particulière. Les jours d’arrêt maladie ne sont pas considérés comme du temps de travail effectif pour déclencher des heures supplémentaires, sauf si une convention collective en décide autrement. La Cour de cassation insiste : seules les heures travaillées concrètement comptent pour atteindre le seuil hebdomadaire. Ce rappel protège l’équilibre fragile entre les droits des salariés et les obligations des employeurs.
Sur le volet fiscal, le plafond d’exonération des heures supplémentaires reste fixé à 5 000 euros par an, avec une exception à 7 500 euros durant l’état d’urgence sanitaire. Pour les gestionnaires de paie, l’enjeu est d’autant plus grand qu’ils doivent suivre à la trace ces évolutions légales et jurisprudentielles. Entre clarification sur le report des congés et sécurisation du traitement des heures majorées, la vigilance s’impose à tous les acteurs du droit social.
Les règles changent, les bulletins de salaire s’ajustent, mais une certitude demeure : chaque heure compte, et la moindre erreur peut devenir le point de départ d’un nouveau litige. L’histoire continue de s’écrire, entre textes, jurisprudences et réalités du terrain.